Математические модели регуляции экспрессии гена — Мария Самсонова HD

Мария Самсонова, д.б.н., заведующая отделом компьютерной биологии Центра перспективных исследований СПбГПУ Слайды: http://bioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/07-27-3-samsonova.pdf Понимание тонких механизмов регуляции активности генов ‒ необходимое условие для расшифровки механизмов возникновения болезней у человека. К сожалению, на сегодняшний день, такое понимание отсутствует: мы не можем удовлетворительно объяснить, ни каким образом группы транскрипционных факторов взаимодействуют друг с другом, с белками хроматина, другими адапторными белками и комплексом РНК‒полимеразы, ни как и почему тот или иной участок последовательности ДНК может контролировать сложную, ограниченную в пространстве и детерминированную во времени картину экспрессии гена. Математическое моделирование помогает понять механизмы генной регуляции путем механистического и количественного описания этого процесса. В этой лекции будут рассмотрены два наиболее распространенных подхода к моделированию экспрессии генов ‒ основанные на нелинейных уравнений реакции‒диффузии и термодинамическом равновесии. Будут последовательно рассмотрены этапы построения таких моделей, и приведены примеры их использования для генерации новых знаний. Институт биоинформатики: http://bioinformaticsinstitute.ru/ Летняя школа 2014: http://bioinformaticsinstitute.ru/summer2014